Академический словарь русского языка - отдохнуть душой (или сердцем)

обрести душевный покой, освободившись от волнений или отвлекшись чем-л. доставляющим радость.

{Лариса:} Все-таки лучше {в деревне}, чем здесь. Я, по крайней мере, душой отдохну. А. Островский, Бесприданница.

Пишу к Вам наскоро, --чтобы отдохнуть немножко душою, думая об Вас. Страхов, Письмо Л. Н. Толстому, 6 марта 1881.